酮康唑栓和克霉唑栓都屬于抗感染藥物，作用也比較相似，二者適用于不同的疾病，治療的效果都比較好，并不能進行比較。患者需遵醫囑正確用藥，以達到治療疾病的目的。
酮康唑栓主要成分是酮康唑，具有抗真菌感染的作用，屬于栓劑類藥物，臨床多用于治療滴蟲性陰道炎，其具有抑制真菌生長以及殺菌的作用，且很少會出現藥物不良反應，相對比較安全。克霉唑栓的主要成分是克霉唑，輔料是聚乙二醇、甘油、聚山梨酯等，屬于白色或微黃色的栓劑類藥物，也是比較常見的婦科用藥，臨床多用于治療外陰陰道假絲酵母菌病，可改善陰道內的菌群環境，幫助控制感染，達到抗菌效果。
酮康唑栓和克霉唑栓都需在醫生指導下正確使用，孕婦或者哺乳期婦女更應嚴格遵醫囑，避免自行盲目用藥或增減藥物劑量。女性用藥時應避開月經期，用藥后若出現局部灼燒感或者紅腫等不適癥狀，需及時清洗并停止用藥，盡快到醫院做詳細檢查，并積極進行處理。