一般來說，連花清瘟膠囊可以和阿莫西林膠囊一起吃，建議患者在醫生的指導下用藥，具體分析如下：
連花清瘟膠囊屬于一種中成藥，含有連翹、金銀花、板藍根、魚腥草等成分，能夠有效緩解流行性感冒引起的鼻塞、流鼻涕、咳嗽、咽喉疼痛等不良癥狀；阿莫西林膠囊屬于抗生素類藥物，具有消炎殺菌的功效，可以緩解發炎的癥狀，兩者一起吃通常不會出現沖突，可以有效治療相關病癥。
需要注意的是，用藥不當可能會導致不良反應，建議患者在醫生的指導下用藥。