土黃連與黃連都屬于中藥材，藥理類似，都有清熱燥濕、瀉火解毒的功效，主要區別在于來源不同、歸經不同、藥性側重不同等方面不同。
1、來源不同：土黃連為毛茛科植物短萼黃連的干燥根莖，黃連為毛茛科植物黃連、三角葉黃連的干燥根莖。
2、歸經不同：土黃連歸心、肝、胃、大腸經。黃連歸心、脾、胃、肝、膽、大腸經。
3、藥性側重不同：從藥性來講，土黃連比黃連藥性寒，治療的側重點不同，土黃連主治熱瀉、胃腸濕熱、熱淋、眼赤痛、齒齦腫痛等。黃連主治濕熱痞滿、嘔吐吞酸、瀉痢、黃疸、高熱神昏、心火亢盛、心煩不寐、牙痛，外治濕疹、耳道流膿等。
此外，兩種藥物的適用人群、用量用法、藥物配伍等也不同。建議及時前往醫院的中醫科就診，完善問診、脈診等檢查，在醫生的指導下選擇合適的藥物，避免私自使用藥物導致脾胃虛寒、消化不良等。