新生兒血氧飽和度低不能自愈，可能由于新生兒肺不張、肺炎、氣道梗阻、先天性心臟病、缺血缺氧性腦病等因素引起，需要由醫生給予針對性治療。
1、新生兒肺不張：如果新生兒呼吸系統未能完全發育，可能存在肺不張現象，當新生兒身體吸入氧氣降低時，可能會導致血氧飽和度偏低，可遵醫囑使用吸入用硫酸沙丁胺醇溶液、富馬酸福莫特羅粉吸入劑等藥物進行治療。
2、肺炎：如果新生兒在出生時出現胎糞進入肺部的情況，可能會引發肺炎，導致無法正常呼入氧氣，造成身體氧氣提供不足，出現血氧飽和度低的現象。建議在醫生指導下將肺部雜質吸出，還可使用注射用哌拉西林鈉、注射用青霉素鈉等藥物治療。
3、氣道梗阻：如果新生兒存在先天性會厭囊腫、后鼻孔閉鎖等情況，導致氣道出現梗阻的情況，可能會出現呼吸困難，影響血液中的氧氣含量，建議由醫生進行手術處理。
4、先天性心臟病：如果新生兒存在房間隔缺損或室間隔缺損現象，導致血液從左向右分流，也可能會影響血氧飽和度，建議進行手術治療。
5、缺血缺氧性腦病：由于新生兒存在難產或宮內窘迫的情況，可能會出現缺血缺氧性腦病現象，影響呼吸中樞，造成呼吸衰竭，從而出現上述癥狀，應保持呼吸道通暢，并通過靜脈輸液的方式糾正水電解質酸堿平衡紊亂。
此外，還可能與敗血癥、肺出血、顱內出血等疾病有關，應及時在新生兒科醫生指導下進行相應治療。