一般不存在化膿性甲溝炎的最佳治療方法，治療化膿性甲溝炎可在就醫后，遵醫囑采取局部治療、全身治療、手術治療、物理治療、中藥外敷等方法治療。
1、局部治療：在感染初期，甲溝僅有紅腫而無膿液時，可使用溫鹽水浸泡患指，并局部涂抹魚石脂軟膏、紅霉素軟膏、莫匹羅星軟膏等消炎的藥膏。對于慢性甲溝炎，可配合使用糖皮質激素外用制劑。也可使用金黃散、活力碘和碘伏、夫西地酸鈉軟膏等藥物進行局部治療。
2、全身治療：根據致病菌培養及藥敏試驗結果，全身應用抗生素，如青霉素、阿莫西林、頭孢菌素、克林霉素等。疼痛劇烈時，可使用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等藥物進行止痛治療。
3、手術治療：當甲溝出現膿液積聚時，應立即沿甲溝做一縱向切口進行引流。若因嵌甲引起或甲下已有積膿，則需進行部分或全甲拔除手術。對于反復發作、保守治療無效的化膿性甲溝炎，還可考慮甲溝炎刮除術、甲床部分切除等手術方法。
4、物理治療：紫外線或紅外線照射有助于消毒殺菌、促進血液循環、促進組織愈合。短波紫外線、紅外線等方法有助于緩解疼痛和紅腫。
5、中藥外敷：使用具有清熱解毒、消腫止痛作用的中藥煎劑外敷或口服，如黃連解毒湯、五味消毒飲等。針灸、拔罐等中醫特色療法也有一定的療效。
需注意用藥時務必謹遵醫囑，避免患部長時間浸泡在水中，以防細菌滋生。