肝囊腫開窗術不良后果，通常有出血、肝功能不全、膽瘺、肝囊腫復發等。
1.出血：
肝切除、單純肝囊腫切除、囊腫開窗及囊腫引流術后均可發生出血。出血部位主要是肝斷面、肝臟與囊腫剝離面、囊壁邊緣。
2.肝功能不全：
主要是多發性肝囊腫進行部分肝臟切除術后，或者巨大肝囊腫部分肝臟切除術后，容易出現肝功能不全的表現。
3.膽瘺：
部分肝臟切除手術時的切斷面、囊腫剝離手術時的剝離面，就有可能發生膽瘺的現象。如果發生了膽瘺，會引起腹膜炎的表現。
4.肝囊腫復發：
孤立性肝囊腫治療效果較好，術后極少復發，多發性肝囊腫術后較容易復發，但是大部分肝臟手術預后良好，很少出現嚴重并發癥。
還可能會發生癌變，患者需要到正規醫院進行診斷治療，有利于術后恢復。除此以外患者術后需要聽從醫生建議，定期到醫院復查。