巴戟天的副作用可能是上火、胃腸不適、血壓波動、影響內分泌、過敏反應等，通常有毒性，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
1、上火：巴戟天屬于溫補之品，長期或大量服用可能會導致體內火氣過旺，出現口干舌燥、咽喉腫痛、口腔潰瘍、牙齦腫痛等上火癥狀。
2、胃腸不適：部分人服用巴戟天后可能會出現胃腸不適，如惡心、嘔吐、腹脹、腹痛、腹瀉等。
3、血壓波動：巴戟天可能會對血壓產生一定影響，導致血壓升高或降低，尤其是對于本身就有高血壓或低血壓的患者，影響可能更為明顯。
4、影響內分泌：過量服用巴戟天可能會干擾人體正常的內分泌系統，導致激素水平失衡。
5、過敏反應：少數人可能對巴戟天過敏，服用后會出現皮膚瘙癢、紅腫、皮疹等過敏癥狀。
患者在治療期間需要多喝溫水，適當的進行運動。