做鼻咽喉部位的內窺鏡檢查，會有一定程度的難受。做鼻內窺鏡檢查時，部分人群會出現鼻腔疼痛、鼻腔異物感、鼻塞、鼻癢、打噴嚏等不適癥狀。做咽喉部位的內窺鏡檢查時，部分人群會有咽喉疼痛、咽喉瘙癢、咽喉異物感、刺激性咳嗽、惡心干嘔等不適癥狀。雖然會有難受的感覺，但是一般不嚴重，都是在可以承受的范圍之內。
在做內窺鏡檢查之前，需要進行表面麻醉，比較常用的麻醉藥物是鹽酸利多卡因、鹽酸丁卡因。麻醉后，鼻咽喉部位黏膜的敏感性會降低，從而減輕檢查過程中的不適癥狀。在做鼻咽喉部位的內窺鏡檢查時，需要配合醫生的操作，才能順利地完成檢查。
鼻咽喉部位的內窺鏡檢查可以明確受檢者局部組織狀態，以及是否患有鼻炎、鼻息肉、咽喉炎、聲帶息肉、聲帶小結、喉癌、下咽癌等疾病。需要注意的是，做完檢查后，暫時不能喝水、吃東西，需要等待麻醉藥物完全失效以后，才能恢復正常的飲食，避免出現嗆咳、誤吸等并發癥。