食道低級別上皮內瘤變患者需要前往醫院完善各項檢查后，才可以做進一步治療，如內鏡下行切除術、射頻消融術及冷凍療法等。食管低級上皮內瘤變，也稱為異型增生，是指基底膜以上的上皮組織，相比于正常組織在細胞形態和組織結構上存在差異，屬于非浸潤性的腫瘤性改變。
1、內鏡下切除術：內鏡下切除術包括內鏡黏膜下剝離術、內鏡下黏膜切除術和多環套扎黏膜切除術等，可以有效地將病變部位切除。早期食管鱗癌及癌前病變進行內鏡下治療具有簡便、微創、住院時間短、并發癥少、療效與外科手術相當等優點；
2、內鏡下射頻消融術：內鏡下射頻消融術，可應用于治療難以切除的平坦型過長病變，也可以消除內鏡切除術后殘余病灶等；
3、冷凍療法：冷凍療法可以通過使用更高劑量的冷凍劑，以延長冷凍時間，來治療深度超過1mm的上皮細胞，并治療不規則的黏膜表面。
除通過上述方法治療外，食管低級上皮內瘤變患者一定要定期隨訪復查。還可遵醫囑使用食道黏膜保護藥，如硫糖鋁咀嚼片，以及抑酸藥，如奧美拉唑腸溶膠囊、雷貝拉唑鈉腸溶片等，以保護黏膜，緩解反酸等不適癥狀。