化療一般指化學藥物治療，肝門膽管癌進行化學藥物治療相對于不進行化學藥物治療，還是有好處的。
肝門膽管癌是臨床上較為常見的惡性腫瘤，其生長部位較為特殊、生長速度較快、惡性程度較高，因此治療難度相對較高，且在手術治療后，仍有一定復發或轉移風險。故臨床上通常需要進行化學藥物治療幫助進一步縮小腫瘤病灶，可以有利于手術操作，也可消滅轉移的腫瘤細胞，從而一定程度上降低復發和轉移的風險。
進行化學藥物治療可能會對患者產生較多副作用，如惡心、嘔吐、貧血、脫發、乏力等，且化學藥物治療可引起患者白細胞指數下降，從而可能會降低患者免疫力，容易引發感染的風險。
但多數化學藥物治療副作用經過適當調理和充分休息是可以緩解的，且多數副作用一般不會造成較為嚴重的后果。
若患者化學藥物治療后出現不適，且長時間未緩解，建議及時與主治醫生聯系，在醫生的鑒別診斷下進行治療。