如果只是輕度的、短時間的肝功能異常，在查明病因后治療，通常可以有效改善肝功能；如果是慢性、長期的疾病導致肝臟不可逆地損傷，肝功能通常難以完全恢復到正常水平。肝功能是否能恢復到正常水平，這跟所患疾病的種類、病情緩急、身體狀況都有關系。
短時間大量飲酒造成的肝功能異常，通過戒酒、護肝治療，通常兩周到一個月左右肝功能可恢復正常；病毒性肝炎如乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎等，恢復正常則需要嚴格進行的抗病毒治療，恢復時間也會比較久，一個月到兩個月不等；對于肝癌患者，肝功能通常難以完全恢復到正常水平。
肝功能異常能夠恢復的最大水平是因人而異的，即使是同一種疾病，不同的人治療后反應會大有不同，因此肝功能異常的恢復也不能一概而論。
患者在患病期間，定期檢查肝功能是有重要意義的，有助于判斷肝功能的情況和肝臟損傷程度，尤其是肝病的急性期或惡化期，能夠評估肝細胞損傷的程度，預測藥物療效，指導臨床用藥。