扁平疣治好了可能還會復發，但概率較低。扁平疣是由人乳頭瘤病毒感染引起，治好了是否復發可能與自身免疫力有關，若是由于各種原因導致的免疫力低下的患者容易復發，當患者免疫力恢復正常時，復發的概率較低。
扁平疣屬于病毒性皮膚病，好發于青少年時期，常在手背、面部出現，呈粉紅色、淺褐色或白色米粒，或綠豆大小的扁平丘疹。長期存在的扁平疣也可以融合成片，同時可能伴有瘙癢的癥狀，可通過接觸傳染。臨床上通常采用激光、冷凍治療，也可以通過外涂軟膏，如咪喹莫特乳膏、維A酸軟膏等，或注射干擾素進行積極的治療。對于正常人群來講，一般該疾病治療較徹底，復發率較低，但對于長期使用糖皮質激素、免疫抑制劑等的患者，由于本身免疫力較低，應用藥物后藥物成分可能會加重對免疫系統的損傷，因此對于此類患者容易出現再次感染，造成復發的可能，但通常在停藥后，此類患者的免疫力會逐漸恢復，這時能夠明顯減少扁平疣的復發幾率，當免疫力恢復正常時，復發率較低。
扁平疣患者病程較慢，可能幾年內都無明顯變化，有少部分患者的扁平疣也可能突然自行消失，也可能持續多年不愈合，建議患者在治療期間應避免用手搔抓患處，避免熱毒流竄，疣體擴散，通常皮膚傷口愈合后不會形成瘢痕。如果出現復發，應及時進行治療。