一般情況下，腦囊腫眩暈耳鳴的治療方式為手術治療，例如開顱囊腫切除術、囊腫－腹腔分流術等。
1、開顱囊腫切除術：通常開顱囊腫切除術是用顯微外科手術的方法切除囊壁，使囊腫和蛛網膜下腔、腦室之間連通。因為囊壁和正常神經結構或腦血管之間緊密粘連，所以多選擇切除部分囊壁。多數患者手術之后囊腫縮小、眩暈耳鳴等癥狀也會得到改善，少數患者囊腫有復發的可能，需根據具體情況考慮是否進行二次手術治療。
2、囊腫－腹腔分流術：一般囊腫－腹腔分流術適用于開顱手術后，癥狀沒有改善或者囊腫再次復發的患者。囊腫－腹腔分流術先使用分流裝置將囊腫中的液體引流到腦池和腹腔中，可以起到縮小囊腫，改善眩暈耳鳴的效果。囊腫－腹腔分流術創傷小、復發率較低，但是應當注意需要在患者體內永久性地植入分流裝置。