對于多數患者而言，腎囊腫手術不算大手術，腎囊腫手術治療多采用微創方式，或經腹腔鏡進行治療，所造成的創傷通常較小，患者恢復時間較快。對于極少數囊腫惡變或囊性腎癌的患者，需采取腎部分切除術或腎切除術，屬于大手術，但由于腎囊腫惡變率較低，此方式應用較少。
對于腎囊腫常用的手術方法主要包括穿刺硬化治療、囊腫去頂術、囊腫內引流術等，這三種方式均為微創治療方式，手術操作較簡單，手術時間較短。通常情況下，如果囊腫直徑＜5cm、位置距腎竇較遠，則可選擇穿刺硬化治療，對于體積較大的囊腫可選擇囊腫去頂術或囊腫內引流術。若囊腫存在癌變的可能，或者腎囊腫穿刺后出現復發，則需在醫生指導下根據術前評估選擇適宜的手術方式。
此外，腎囊腫患者術后應注意觀察術后是否出現出血、傷口愈合不良等情況，日常避免憋尿，同時適當增加飲水，注意休息，有利于病情恢復。患者還需注意遵醫囑定期復查，檢查囊腫是否復發，出現異常及時就醫。