骨髓移植對捐獻者通常并無危害和后果，也不會影響捐獻者的日常生活。骨髓移植捐獻者在骨髓抽取過程中，可能會出現疼痛癥狀，或乏力、燥熱等表現，極少數捐獻者可能會出現過敏、脾腫大。
過去的骨髓移植，是在捐獻者體內抽取部分骨髓，輸入到患者的體內，用捐獻者正常的骨髓細胞取代患者不正常的骨髓細胞。正常人體中的骨髓有較強的再生能力，在失去一部分后，一段時間內即可逐漸自行恢復，不會影響捐獻者骨髓的正常功能，也不會產生后遺癥及危害。雖然在抽取骨髓過程中，捐獻者可能會出現不同程度的疼痛癥狀，但大多數可以耐受，疼痛在抽取骨髓后即可消失，持續時間不長。
另外，隨著技術增長，在臨床上的骨髓移植，已經逐漸變為采集捐獻者的外周血干細胞，而不是骨髓。指的是通過使用藥物刺激捐獻者的骨髓，釋放干細胞到外周血中，利用儀器采集捐獻者的干細胞再回輸給患者的操作。整個過程與正常人獻血一樣，沒有較大痛苦，少數捐獻者在捐獻后，暫時出現乏力、燥熱、過敏、脾腫大等身體虛弱情況，但一般恢復較好，無明顯危害。