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腸胃炎會引起發燒、頭痛。腸胃炎多是由于飲食不潔引起的胃腸道感染性疾病，可能是合并細菌感染，也可能是合并病毒感染。但無論是細菌感染還是病毒感染，均有可能導致病原微生物或代謝產物進入血液，且隨血液循環影響大腦的體溫調節中樞和血液循環，進而引起發燒、頭痛的情況。
患者需完善血常規、電解質、CRP、大便培養等檢查進一步明確病因診斷，如果血常規及CRP增高，多提示合并細菌感染，可以在醫生的指導下給予廣譜的抗生素治療，如左氧氟沙星、羅紅霉素等，并需根據大便培養的藥敏檢查結果，及時調整敏感抗生素。
如果考慮是病毒感染引起的腸胃炎，由于病毒具有自限性，多數可自行緩解。所以通常使用上述藥物，進行止吐、止瀉等對癥治療，即可改善癥狀。若發燒溫度較高，如超過38.5℃時，則可在醫生指導下，服用對乙酰氨基酚、布洛芬等退燒藥物治療。同時，需要配合應用止吐藥物、止瀉藥物、微生態制劑及維持水電解質平衡的藥物治療。止吐藥物可以選擇鹽酸甲氧氯普胺注射液或鹽酸昂丹司瓊注射液，止瀉藥物可以選擇蒙脫石散、復方黃連素片、腸炎寧片等。微生態制劑可以選擇復方嗜酸乳桿菌片、布拉氏酵母菌散等，有助于調節胃腸道菌群，緩解癥狀。若嘔吐、腹瀉嚴重，導致電解質失衡，則可以應用口服補液鹽，也可以靜脈應用維持水電解質平衡的藥物治療，如復方電解質注射液。