巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢上形成，當巧克力囊腫大于5公分以上時，就可能在劇烈的運動，或者同房后出現破裂。其破裂前兆，往往是在同房后，突然出現下腹部的劇烈疼痛，甚至還有面色蒼白、出冷汗、惡心、干嘔等表現。隨著囊腫破裂，血液刺激腹腔還會導致明顯的腹部墜脹，或者是排便感。
這時候建議馬上去醫院婦科急診就診，進行開腹手術搶救治療。并且在術中盡量清洗盆腔。主要是將盆腔內破碎的囊液全部清洗干凈，避免具有活性的子宮內膜細胞種植在其他臟器上，而引起子宮內膜異位癥。在術后用達菲林治療半年，避免囊腫的復發。另外，也可以在宮內上曼月樂環，主要是使子宮內膜萎縮，達到治療子宮內膜異位癥的目的，避免巧克力囊腫復發。在術后一定要定期的復查，每半年做一次B超檢查。