一般情況下，三個月寶寶兩只腳總是互相搓可能是腳不舒服、蚊蟲叮咬、缺鈣等問題導致的，需要根據具體情況進行處理。
1、腳不舒服：家長可能會比較擔心寶寶的腳受涼，從而經常給寶寶穿襪子。如果襪子的材質不好，就可能會導致寶寶覺得腳不舒服，從而不停地搓動，來緩解情況。建議家長要更換寶寶的襪子，選擇柔軟的棉質襪子。
2、蚊蟲叮咬：如果寶寶的腳不慎被蚊蟲叮咬了，就可能會導致寶寶的腳上出現瘙癢的紅疙瘩，為了減輕瘙癢感，寶寶可能會有雙腳不斷摩擦的表現。家長可以通過適當的冷敷來減輕寶寶的瘙癢癥狀。
3、缺鈣：如果寶寶沒有攝入充足的鈣元素，就可能會導致缺鈣的情況。寶寶可能會有骨骼疼痛、手足搐搦、腳不停搓動等癥狀，需要遵醫囑口服葡萄糖酸鈣口服溶液、維生素D滴劑、維生素AD滴劑等藥物來治療。
另外，真菌感染也可能會導致該癥狀，需要及時就醫處理。