傳染性胃腸炎和流行性腹瀉是兩種不同的疾病，但部分患者的癥狀會有所相似，應根據病癥進行分析，給予藥物治療等。建議在醫生指導下用藥，以免達不到治療效果，或使疾病癥狀加重，不利于身體健康。
1、傳染性胃腸炎：通常是細菌以及病毒感染所引起，治療時應根據患者具體的臨床癥狀，采取藥物治療、補液等方法緩解病癥。患者可以遵醫囑服用氟哌酸、黃連素等抗菌藥物進行治療，對于胃腸道黏膜受損的患者，可以使用蒙脫石散等胃腸黏膜保護劑進行緩解。若患者出現電解質紊亂或者脫水的情況，可以采用輸液等方法，調節身體中電解質和水分的平衡。若患者的病情較為嚴重，可在醫生的指導下使用顛茄片等解痙藥治療；
2、流行性腹瀉：一般是病菌感染所引起，應根據患者的臨床癥狀，選用合適的藥物進行對癥治療。若患者腹瀉時會出現痙攣性腹痛，應在醫生指導下使用山莨菪堿等解痙藥進行治療。若是細菌感染引起的腹瀉，可以遵醫囑用諾氟沙星等抗菌藥物進行治療，感染得到控制后，可以使用蒙脫石散、洛哌丁胺等止瀉藥物進行治療。