銀離子凝膠主要作用為抗菌、消炎等，確有相關疾病的情況下遵醫囑長期使用銀離子凝膠，一般不會產生明顯危害，但自行長期使用銀離子凝膠，可導致出現陰道抵抗能力下降、陰道菌群失調等危害。部分女性對其中成分還會產生過敏反應，但通常初次使用便可發生。因此需在醫生指導下科學用藥，以免引起不適癥狀。
正常女性的陰道菌群通常處在平衡狀態，銀離子凝膠屬于抗菌藥物，在使用以后可以有效抑制局部微生物的生長。但如果長期使用銀離子凝膠，在有效抑制細菌滋生的同時，也可導致陰道正常菌群受到破壞，容易導致陰道自身的清潔能力下降，從而更容易出現婦科疾病。
此外，對銀離子凝膠中某些成分過敏的人群，在初次使用銀離子凝膠時，就可能會產生過敏反應，如果大量使用則可加重過敏癥狀，導致局部皮膚黏膜出現紅腫、皮疹、瘙癢等癥狀，建議立即停止藥物的使用，并及時咨詢醫生，遵醫囑更換藥物。