整蛋白型腸內營養劑是臨床常用的營養劑，主要適用于長期慢性營養不良、有胃腸道疾病、自主進食困難、需額外增加熱量等人群，一般來說其副作用較小，常見的主要有胃腸道不適、過敏反應等，可在醫生指導下，正確使用整蛋白型腸內營養劑，以降低副作用出現的概率。
1、胃腸道不適：若進食過快，或每日攝入量超過身體承受范圍，會導致進食后出現胃腸道不耐受，如腹痛、腹瀉、腹脹、惡心、嘔吐等。應按照正確的操作按量、按需進食，進食不可過快，如果出現上述癥狀，可以給予復方谷氨酰胺腸溶膠囊、地衣芽孢桿菌活菌膠囊等調理腸道功能以及腸道菌群，進而緩解癥狀；
2、過敏反應：如對整蛋白型腸內營養劑成分存在過敏情況，進食后可能會出現過敏反應。建議在進食前應該先少量進食，觀察是否耐受，再考慮長期食用，如果出現過敏癥狀，需立即停用，同時遵醫囑給予氯雷他定片等抗過敏藥物進行治療；
3、其他：對于一些特殊的人群，如存在腸梗阻的人群來說，進食后會加重腸梗阻的癥狀，導致腹痛、腹脹加重。而對于頑固性腹瀉的人群來說，食用后有可能會出現腹瀉加重，應遵醫囑進行應用。