16歲男性的陰莖沒有二次發育的說法，因為這個年齡正處于生殖器官持續發育的狀態。正常情況下，男性陰莖發育會有一個時間段，分別是在11歲左右進入青春期的時候和18歲左右青春期結束之前。但是如果睪丸組織發育不良或者是激素水平異常，就可能會影響陰莖發育，建議患者及時去醫院進行診治。
16歲男性此時正處于青春期，雄激素分泌快速增加，刺激男性生殖器官生長發育，陰莖會跟隨著外生殖器官逐漸增大，直至進入成年期后，才會逐漸停止發育，所以此時正是陰莖生長的階段，還未達到停止發育的時間，因此不存在二次發育的說法。
但是如果睪丸發育不良或者體內的雌激素水平過高，可能會影響陰莖的正常發育。比如16歲男性的雄激素分泌偏低，而雌激素水平過高，就有可能會導致男性生殖器官發育停滯或異常。這種情況建議及時前往醫院就診，在醫生的建議下使用丙酸睪酮注射液等藥物進行治療。