菌群失調胃腸道癥狀常表現為腹痛或腹部不適、腹瀉、便秘、營養吸收不良、食欲減退等。
1.腹痛或腹部不適：腹痛部位不定，以下腹和左下腹多見，排便或排氣后緩解，極少有睡眠中痛醒者。
2.腹瀉：腹瀉時常排便較急，糞便有時呈糊狀或稀水樣，可帶有黏液，但無膿血。部分患者腹瀉與便秘交替發生。
3.便秘：常有排便困難，糞便干結，量少，呈羊糞狀或細桿狀，表面可附黏液，常伴腹脹，排便不盡感。
4.營養吸收不良：胃腸道中的消化酶不能與食物充分的混合，食物中的營養成分不能被吸收，導致營養不良，甚至會發生貧血。
5.食欲減退：受腸-腦軸的影響，腸道菌群會直接影響神經系統，會造成食欲降低。
發生胃腸道菌群失調，可以口服益生菌制劑，如培菲康、整腸生、金雙歧、思連康、乳酸菌素片等積極的對癥治療改善不適癥狀。