一般情況下，避孕套在體內遺留兩天的后果是月經失調、陰道炎、盆腔炎等情況，具體分析如下：
1.月經失調：避孕套在體內遺留兩天，會對陰道或子宮環境造成一定影響，嚴重時還可能使人體的雌孕激素水平失調，從而出現月經失調的情況，所以，避孕套在體內遺留兩天的后果是月經失調，平時應避免將避孕套遺留在體內，性行為前后還應做好個人清潔衛生。
2.陰道炎：避孕套在體內遺留兩天，容易導致陰道受到感染，從而引發陰道炎，如果患者出現陰道分泌物增多、外陰瘙癢等異常癥狀，可能是患有陰道炎，可以在醫生指導下，根據具體情況使用甲硝唑、克林霉素、替硝唑等藥物進行治療。
3.盆腔炎：避孕套在體內遺留兩天，容易導致陰道滋生細菌，細菌經宮頸進入盆腔后，容易造成盆腔感染，引發盆腔炎，所以，避孕套在體內遺留兩天的后果是患有盆腔炎，建議在醫生指導下使用氧氟沙星、甲硝唑、布洛芬等藥物進行治療。