憋了一晚上的尿早上起來小腹痛可能是正常的生理性因素，也可能是病理性因素引起，如慢性膀胱炎、尿道炎、膀胱結石等。建議及時到醫院就診，查明其原因后給予相應治療。
一、生理性因素：通常與睡前飲用過多水又未及時排尿，導致夜間過度憋尿，進而導致膀胱過度充盈有關。如果尿量已經超過膀胱承受的極限范圍，便可能會由于膀胱急性擴張而引起小腹疼痛的癥狀。建議在有尿意時及時排尿，避免過度憋尿。此外，還可以通過局部熱敷腹部，緩解腹部疼痛的不適癥狀。
二、病理性因素：1、慢性膀胱炎：通常與結核桿菌或大腸桿菌等細菌感染有關，常表現為尿頻、尿急、下腹痛，甚至排尿痛等癥狀。一般可給予抗感染藥物治療，如阿莫西林、阿奇霉素等藥物，同時要多飲水增加排尿量，多沖洗尿道，有助于疾病的恢復；
2、尿道炎：通常與不潔性生活或尿液長期積存在尿道內，導致尿路感染有關。患者常表現為尿痛、尿頻、尿急，甚至由于長時間未進行治療，而引起下腹部疼痛等癥狀。應盡量保持作息規律，可口服頭孢克肟分散片、鹽酸左氧氟沙星片、鹽酸米諾環素膠囊等藥物進行治療；
3、膀胱結石：通常與膀胱內生長結石導致膀胱刺激，使得膀胱內黏膜出現損傷有關，會引起憋尿后小腹疼痛不適的情況。較小的結石一般可以通過尿液自行排出體外，但較大的結石可能還需要行體外沖擊波碎石術等方式治療。
除了上述因素，如還存在其他疾病，膀胱息肉、膀胱腫瘤，其中膀胱腫瘤的病因尚不明確，可能與膀胱黏膜長期遭受一定刺激有關，常表現為膀胱頂部腺瘤。另外還可能是由其他膀胱實體癌細胞對局部組織浸潤而引起的上述情況，甚至還可能伴有血尿等癥狀，一般需要進行尿道切除術等手術治療。