有機硅季銨鹽對人體是否有害，應根據是否過敏、使用方式等進行決定，如果有不適癥狀，建議立刻就醫。
1、如果對其不過敏、正確使用，通常對人體沒有害：有機硅季銨鹽是一種具備良好的吸水性、吸汗性、柔軟性的抗菌劑，如果自身對其不過敏，正確使用，通常不會對身體造成刺激和損傷，因此對人體通常沒有傷害。
2、如果對其過敏、沒有正確使用，通常對人體有害：如果自身對有機硅季銨鹽過敏，使用后則導致皮膚的毛細血管通透性改變，進而誘發皮膚瘙癢、皮膚紅腫等過敏反應；如果沒有正確使用，比如使用時間過長、誤入眼中，通常會刺激局部皮膚或黏膜，也會產生刺痛感，此時會影響身體健康，因此對人體有害。
一旦出現過敏，可以遵醫囑應用鹽酸西替利嗪片、鹽酸苯海拉明片、氯雷他定片等抗過敏藥物治療。