EB病毒感染選擇抗病毒藥物，常用藥物包括更昔洛韋制劑、阿昔洛韋制劑、干擾素制劑等。其中更昔洛韋制劑一般作為首選藥物，阿昔洛韋制劑和干擾素制劑也有療效，可以在專業醫生指導下使用。
EB病毒感染后可以引起急性感染和慢性感染，急性感染為傳染性單核細胞增多癥，可引起發熱、皮疹、淋巴結腫大，伴有外周血單核細胞、淋巴細胞顯著增高。通過抗病毒藥物治療后病毒血癥下降或消失，疾病可以逐漸好轉。更昔洛韋常見的制劑，包括更昔洛韋制劑有片劑、注射液等，更昔洛韋是核苷類抗病毒藥，對巨細胞病毒、人類皰疹病毒、EB病毒有良好的抑制作用。應用更昔洛韋制劑治療后，可以減輕EB病毒病毒血癥，降低EB病毒含量，數周后血中EB病毒水平會明顯下降，甚至可以轉陰。但更昔洛韋制劑也有一定的副作用，對更昔洛韋制劑過敏的患者、妊娠期婦女禁用，嚴重中性粒細胞減少患者或嚴重血小板減少患者禁用更昔洛韋制劑。
常見的阿昔洛韋制劑有片劑，阿昔洛韋制劑有一定的抗病毒作用，可用于EB病毒感染抗病毒治療，但療效一般。常見的干擾素制劑有軟膏、注射液等，干擾素制劑為廣譜抗病毒藥物，有一定不良反應，可能引起寒戰、高熱和白細胞減少。干擾素制劑對EB病毒有一定的療效，可以在專業醫生指導下使用。