僅憑甲胎蛋白不高不可以排除肝癌，因為甲胎蛋白只是作為肝癌的一個輔助診斷方式。大約70%的肝癌患者會出現甲胎蛋白升高，但同時也有30%左右的肝癌患者，甲胎蛋白是正常水平。
一般肝癌的診斷常見于三種情況，第一種是通過兩種不同的影像學結果確認，如CT、核磁共振等，若檢查結果均確認肝腫物屬于肝癌，此時可以確診。第二種是如果只有一項影像學檢查結果確認是肝癌，此時需要結合甲胎蛋白檢查結果進行判斷，如果甲胎蛋白升高超過48ng/mL，此時可以診斷為肝癌。第三種是進行組織穿刺活檢，患者穿刺組織在顯微鏡診斷下確診為肝癌，因此如果是單純的甲胎蛋白不高，不可以排除肝癌。
此外，甲胎蛋白升高也可以見于一些其他情況，如急性肝炎、肝硬化、胚胎源性的腫瘤、妊娠等。所以如果想用甲胎蛋白作為肝癌的輔助診斷，還需要排除以上因素引起的甲胎蛋白升高。