一般情況下，二年前肺部CT正常，二年后肺鱗癌惡性腫瘤3.6厘米可能是吸煙或長期接觸致癌物質導致的。具體分析如下：
1.吸煙：如果患者長期吸煙，可能會吸入有害物質對肺部造成慢性損傷，在二年前肺部CT檢查的時候還沒有發病，可能沒有檢查出來，在這期間肺部發生了病變，可能會出現肺鱗癌惡性腫瘤。
2.長期接觸致癌物質：二年前檢查后，如果患者長期接觸鎳、銅、錫、砷等致癌物質，可能會導致肺部發生惡性病變。
患者這時應該及時去醫院在醫生指導下通過手術治療、放化療等方式進行治療。