懷孕早期胚胎的發育情況因人而異，但確實需要引起重視。您提到在停經40天時，胚胎大小只有5*6毫米，這比正常孕周稍小一些。通常情況下，懷孕早期胚胎的大小可以通過超聲檢查來評估其發育是否符合預期。
首先，關于胚胎生長緩慢的原因，可能與多種因素有關。最常見的原因包括：
營養吸收問題：母體營養攝入不足或吸收不良可能影響胚胎發育。
激素水平異常：如黃體功能不全等內分泌問題可能導致胚胎發育遲緩。
其他潛在因素：如染色體異常、感染或其他健康問題也可能影響胚胎發育。
對于您計劃在20天后進行人流的想法，雖然胚胎目前較小，但建議遵循醫生的指導安排手術。延遲處理可能會增加風險，因此及時咨詢專業醫生的意見非常重要。
總結來說，懷孕早期胚胎發育緩慢需要引起重視，但不必過度焦慮。通過定期復查和與醫生保持溝通，可以更好地了解具體情況并做出合理決策。