藥流后需要休息一段時間，此段時間就稱為小月子，從胚胎或胎兒完全排出體外的那天開始算小月子。雖然藥流未進行負壓吸宮手術操作，但整個妊娠過程均經歷了激素變化、妊娠期變化，以及應用藥物使胚胎和附屬物排出體外時，對身體的生理和心理會造成一定創傷，所以需要在藥流后休息一段時間。
藥流后身體各個器官包括生殖系統、子宮、輸卵管、宮頸、陰道等，會逐漸恢復到未孕狀態，根據藥流的情況，可能需要休息2-4周，雖然不需要絕對臥床，但也應注意避免劇烈活動，避免同房、盆浴，防止發生感染，還要注意保暖，避免著涼。
藥流后2周左右需進行常規復查B超，除外宮腔殘留，如果沒有宮腔殘留、陰道出血、腹痛等情況，屬于完全藥流。如果藥流后發生藥流不全或者藥流失敗，可能需要進行清宮手術。藥流后3個月內，最好半年內避免再次妊娠，以免對子宮內膜造成進一步創傷，進行性生活時應做好避孕措施。