指甲從根部開始坑坑洼洼一般是營養不良、真菌感染、銀屑病、濕疹、甲狀腺功能減退等原因所致。建議患者及時就醫，在醫生的專業指導下對癥用藥，緩解病情。
1、營養不良：當身體缺乏維生素、礦物質等營養物質時，指甲生長所需的養分不足，就可能從根部開始變得坑坑洼洼。例如缺乏維生素A會影響指甲的正常角化，導致其質地和形態異常。可在醫生的專業指導下使用多維元素片、葡萄糖酸鋅口服液、健脾生血顆粒等藥物來改善營養吸收。
2、真菌感染：常見的如甲癬，真菌侵入指甲根部，破壞指甲的正常結構和生長，導致指甲變形、增厚、出現坑洼。這種感染具有傳染性，若不及時治療，會逐漸累及更多指甲。可在醫生的專業指導下使用伊曲康唑膠囊、阿莫羅芬搽劑、特比萘芬片等藥物來抑制真菌。
3、銀屑病：銀屑病是一種免疫相關的疾病，有時會累及指甲。銀屑病會導致指甲根部的甲床受損，使指甲生長異常，表現為頂針樣凹陷、增厚、變色等坑洼不平的癥狀。治療銀屑病指甲病變可在醫生的專業指導下使用阿維A膠囊、他扎羅汀乳膏、復方青黛膠囊等藥物來清熱解毒。
4、濕疹：當濕疹發生在指甲周圍時，炎癥會影響指甲根部的組織，干擾指甲正常生長，從而造成指甲從根部開始變得坑坑洼洼。還可能伴有皮膚發紅、瘙癢、滲出等癥狀。可在醫生的專業指導下使用氯雷他定片、糠酸莫米松乳膏、濕毒清膠囊等藥物來祛濕解毒。
5、甲狀腺功能減退：甲狀腺激素分泌減少，新陳代謝減緩，指甲的生長也會受到影響。指甲根部的細胞更新緩慢，角質層形成異常，進而導致指甲坑洼。患者通常還伴有乏力、畏寒、體重增加等表現。患者應及時補充甲狀腺素，在醫生的專業指導下使用左甲狀腺素鈉片、甲鈷胺片、補中益氣丸等藥物來補充甲狀腺素。
建議患者在治療期間保持充足的睡眠，調整飲食結構，并輔以一定的運動，有助于病情的恢復。