黃連素一般指小檗堿，其通常不會殺死腸道有益菌。具體內容如下：
小檗堿是從中藥黃連中分離的一種季銨生物堿，是黃連抗菌的主要有效成分。其通常用于大腸桿菌以及志賀氏菌屬，能夠起到較好的抗菌效果。而腸道有益菌主要包括嗜酸乳桿菌、乳酸桿菌等，與小檗堿消滅的病菌不同，所以小檗堿通常不會殺死腸道有益菌，患者不用過于擔心。
如果患者存在急性胃腸炎、細菌性痢疾等腸道感染性疾病，可以在醫生的指導下使用小檗堿進行治療，能夠有效改善病情。