通常來說，無法比較靜脈血栓和動脈血栓哪個嚴重。
如果血栓位于靜脈血管的主干，如股靜脈、腘靜脈等，可能會因為血栓脫落，而造成急性肺栓塞，出現猝死等嚴重的并發癥，所以此時靜脈血栓比動脈血栓嚴重。
如果動脈血栓位于動脈的主干，如腸系膜上動脈血栓堵塞，可能會引起全小腸和升結腸壞死，甚至導致感染性休克危及生命，此時動脈血栓更加嚴重。