飛秒又稱飛秒激光手術，終身后遺癥可能會有術后視力不理想和眩光、角膜敏感度下降等，也可能出現干眼癥，但術后大部分的癥狀可以改善恢復。具體如下：
1、干眼癥：飛秒激光術會切斷角膜前基質層內的感覺神經叢，會出現角膜知覺減退，引起瞬目反射減少，從而引起基礎分泌淚液減少，在術后早期可能會患有干眼癥，但隨著時間的延長大部分患者的癥狀可以恢復。
2、術后視力不理想：因存在設備、患者度數等因素的參差，可能會出現屈光矯正不足或過度，術后也可能由用眼不當，從而發生屈光回退的現象，多表現為視物模糊、易視疲勞等癥狀。
3、眩光、角膜敏感度下降：飛秒激光手術后會產生角膜敏感度下降等癥狀，在角膜層做出度數后角膜會產生厚薄的差異，這種差異會帶來眩光。可能會因白天的光線刺激或晚上瞳孔變大后看到厚薄的邊緣區，會有光線的折射，從而產生的刺眼眩光的現象。