三個月寶寶鼻塞可能會自愈，具體需根據引起鼻塞的原因、病情程度等進行判斷，如果出現長時間未恢復的情況，建議在醫生指導下針對性治療。
如果是環境干燥、異物堵塞導致，當家長調整周圍環境后，或是清除鼻腔內異物后可恢復，此時可自愈，家長無需過于擔心。如果鼻塞是病原菌感染所致，此時體內的病原菌載量較少，鼻塞的癥狀較輕，機體的免疫系統會發揮作用，清除體內的致病菌，此時有可能會自愈。
但如果體內的病原菌載量較多，鼻塞的癥狀持續加重，可能不會自愈。當寶寶鼻塞的癥狀長時間未緩解，或是持續加重，可通過熱敷、按摩等物理治療緩解鼻塞的癥狀，也可使用復方頭孢克洛干混懸劑、阿莫西林顆粒等抗感染藥物治療。
如果三個月的寶寶出現鼻塞癥狀，建議家長陪同前往醫院小兒耳鼻喉科就診，通過血常規、血生化等相關檢查，明確原因，積極配合醫生治療。并在日常生活中，注意室內環境衛生、清潔，勤開窗通風，勤換洗被褥、衣物等。