指狀疣主要是由人乳頭瘤病毒感染引起，具有傳染和復發的特性，可能無法徹底治療，但是可以通過進行藥物治療、物理治療、手術治療等方式緩解癥狀，抑制疾病發展。
1、藥物治療：指狀疣患者可以在醫生指導下，使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶軟膏、鬼臼毒素軟膏、重組人干擾素α2b凝膠等藥物進行治療，也可以局部使用氟尿嘧啶注射液、注射用鹽酸博來霉素等藥物治療，從而緩解指狀疣出現的指狀突起等癥狀；
2、物理治療：如果患有指狀疣，在疣體比較大時，可以通過使用激光進行燒灼，還可以使用液氮冷凍，利用低溫作用于皮損組織，使其壞死、脫痂，達到治療目的，也可以采取電灼等物理方式去除疣體進行治療，一般治療效果較好；
3、手術治療：患有指狀疣后，可以通過使用特制的刮尺進行刮除疣體治療，也可以通過外科手術進行切除治療，對疾病的抑制和癥狀的消退較為有效。
指狀疣患者在進行治療后，還要做好護理工作，保持自身的清潔衛生，避免直接或間接接觸攜帶人乳頭瘤病毒的人群，可以適當增加一些體育鍛煉，如跑步、游泳等，以增強身體素質，飲食上以清淡、易消化為主，避免攝入油膩、辛辣、刺激性食物等，導致指狀疣的復發。