眼睛長眼屎可能是結膜炎、干眼癥等因素引起的，如果是新生兒也可能是新生兒淚囊炎引起的。
1、結膜炎：結膜炎癥通常是由于細菌或者病毒引起的結膜炎癥性反應，如果是細菌性的結膜炎，就會導致眼睛內部有大量的黃稠眼屎，如果是病毒性結膜炎，眼屎一般不濃稠，量也比較少。如果是細菌性結膜炎，需要配合醫生的指導使用抗生素類的藥物來治療，比如妥布霉素滴眼液、鹽酸左氧氟沙星滴眼液等，如果是病毒性結膜炎，可以使用阿昔洛韋滴眼液、更昔洛韋眼用凝膠等藥物治療。
2、干眼癥：干眼癥通常是由于淚液分泌障礙而引起的一種眼部疾病，通常會出現眼部的干澀、眼疲勞、眼睛內會有比較干燥顆粒樣的眼屎。可以遵醫囑使用玻璃酸鈉、透明質酸鈉、聚乙二醇等藥物治療。
3、新生兒淚囊炎：新生兒也會出現眼睛長眼屎的現象，通常是由于排泄淚液的淚道、鼻淚管堵塞而引起的，一般隨著月齡的增加，病情會自行好轉，如果病情嚴重也可以選用加壓沖洗、淚道按摩等方法進行緩解。
眼睛長眼屎可以到當地正規的醫院進行檢查，根據分泌物的類型尋求原因，并采取相應的治療方式來改善。在治療期間要保持眼部的干凈衛生，及時用清水清洗眼睛。