經皮腎鏡手術后呼吸時腎疼可能是身體未恢復、局部感染、腎結石等因素導致的，建議及時前往正規醫院就醫，并進行針對性的治療。

1、身體未恢復：

如果患者進行了經皮腎鏡手術，會對腎臟造成一定的損傷，術后一般需要一段時間才能恢復正常狀態，恢復期間可能會出現呼吸時腎臟疼痛的癥狀。此情況是正常的生理現象，一般不需要特殊治療，多注意休息即可。

2、局部感染：

如果患者術后沒有做好局部的護理工作，導致局部感染，可能會在呼吸時出現腎臟隱痛的癥狀。患者可以在醫生的指導下使用阿莫西林膠囊、頭孢克肟膠囊等藥物來抗感染。

3、腎結石：

如果患者本身存在腎結石，結石會對腎臟造成刺激，術后也可能會出現明顯的腎臟疼痛的癥狀，疼痛可在呼吸時加劇。患者可以在醫生的指導下使用排石顆粒、尿石通丸等排石的藥物進行治療。

除上述相對常見的原因外，患者的情況還可能與慢性腎炎、腎囊腫等有關，建議患者及時前往醫院就診。恢復期間要注意休息，不要做過多的體力活，有助于身體恢復。