拔智齒沒拔干凈，可能會導致殘留牙齒慢慢的再次生長出來，也會導致感染發炎，甚至會造成拔牙窩不容易愈合。
智齒拔除不干凈可能是由于智齒位于口腔最深的部位，尤其是橫位比較低的牙齒，生長在頜骨中的位置較深，因此就比較難以拔除，再加上智齒結構異常彎曲根多根肥根等也會導致拔除的難度增加。如果在拔牙時出現斷根，而且斷根較小，靠近下頜神經管就不要再繼續拔牙。
如果出現有疼痛感或者是紅腫等癥狀時，需要及時的去醫院口腔科進行拍片來確定拔牙窩的牙根，然后再對癥的進行處理。