下面一般指的是生殖器。睡一覺起來生殖器很痛可能是局部壓迫、外陰炎、前庭大腺炎、尿道炎、生殖器皰疹等原因導致的，女性需要及時到醫院就診，并且配合醫生對癥治療。
1、局部壓迫：如果女性睡眠姿勢不當，長時間壓迫生殖器，可能會引起疼痛。女性應調整睡眠姿勢，可以使用溫水坐浴。
2、外陰炎：細菌、真菌等病原體感染外陰引起外陰炎，炎癥刺激可導致生殖器疼痛。女性要注意外陰清潔，可以按照醫囑使用克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等藥物進行治療，通常可以起到抗真菌的作用。
3、前庭大腺炎：前庭大腺受到細菌感染發生炎癥，會出現生殖器疼痛。女性需保持局部清潔，可以按照醫囑使用頭孢克肟分散片、阿莫西林克拉維酸鉀片等藥物進行治療，一般可以起到抗菌消炎的作用。
4、尿道炎：尿道受到病原體感染，炎癥蔓延可能引起生殖器疼痛。女性應多喝水，可以按照醫囑使用呋喃妥因片、磷霉素氨丁三醇散等藥物進行治療，一般可以起到抗菌作用。
5、生殖器皰疹：皰疹病毒感染引起生殖器皰疹，皰疹破潰等情況會導致疼痛。女性要注意個人衛生，避免搔抓，可以按照醫囑使用阿昔洛韋片、伐昔洛韋片等藥物進行治療，一般可以起到抗病毒的作用。
女性要注意穿寬松的內褲，保持生殖器清潔。