質子泵抑制劑在根除幽門螺桿菌中的作用主要是抑制胃酸分泌，提高胃內的酸堿度。
幽門螺桿菌主要是在酸性環境中生存，堿性環境對其有抑制作用。而質子泵抑制劑可以使胃蛋白酶的分泌減少，抑制人體分泌胃酸，提高胃內的酸堿度，從而抑制幽門螺桿菌的復制、繁殖，起到輔助殺菌的作用。目前臨床上常用的質子泵抑制劑有奧美拉唑腸溶膠囊、蘭索拉唑腸溶片等，可以根據實際情況，在醫生的指導下選擇合適的藥物。
此外，想要根除幽門螺桿菌，通常是采用鉍劑四聯方案，即1種質子泵抑制劑、1種鉍劑和2種抗生素。其中常用的質子泵抑制劑有泮托拉唑鈉腸溶膠囊、雷貝拉唑鈉腸溶膠囊等，常用的鉍劑有膠體果膠鉍膠囊、枸櫞酸鉍鉀顆粒等，常用的抗生素有甲硝唑片、阿莫西林膠囊、四環素片等。患者在日常生活中也需注意飲食衛生，盡量不要吃未煮熟的食物，也不要喝不干凈的水，飯前、便后都要勤洗手。