跖疣抹上藥后超級疼可能是藥物刺激、疣體破損、過敏反應、感染、藥物濃度過高等原因導致的，患者需要及時到醫院就診，并且配合醫生對癥治療。
1、藥物刺激：某些治療跖疣的藥物具有腐蝕性，涂抹后會對疣體周圍正常皮膚產生刺激，引起疼痛。這通常是正常現象，不需要特殊處理。
2、疣體破損：在涂抹藥物過程中，可能不小心導致疣體破損，刺激神經末梢引起疼痛。患者要保持局部清潔，可以按照醫囑使用碘伏消毒，必要時使用創可貼。
3、過敏反應：對所涂抹的藥物成分過敏，引起過敏反應，出現疼痛，還可能伴有紅腫、瘙癢。患者應立即停用藥物，可以按照醫囑使用氯雷他定片、西替利嗪片等藥物進行治療，一般可以起到抗過敏的作用。
4、感染：涂抹藥物后，局部皮膚受到細菌等病原體感染，導致炎癥反應，產生疼痛。患者需要按照醫囑使用阿莫西林膠囊、頭孢克洛膠囊等藥物進行抗感染治療。
5、藥物濃度過高：藥物使用時濃度過高，對皮膚產生較強的刺激，造成疼痛。患者要按照正確的藥物濃度使用，可以先暫停用藥，觀察皮膚反應，待皮膚恢復后再調整用藥方式。
患者需要注意保持足部清潔，避免自行修剪疣體，防止疼痛加重。