HPV感染一般會自愈，但部分HPV感染自愈難度較大。
HPV病毒有多種亞型，其中低危型HPV（如6、11型等）主要與扁平疣、尖銳濕疣等良性病變相關，此時通常能夠被免疫系統清除，實現自愈。一般高危型HPV（如16、18型等）與宮頸癌、肛門癌、口咽癌等惡性腫瘤的發生密切相關，如果存在持續性感染，自愈的可能性相對較低，并且容易發展為癌癥。
提高機體免疫力是促進HPV感染自愈的有效途徑之一，因此建議患者在出現HPV感染后注意保證膳食結構多元化，可以攝入富含維生素、礦物質、蛋白質的食物，如新鮮蔬果、全谷物、堅果、魚類、蛋類等，有助于增強免疫功能。
還應該保證充足的睡眠，避免熬夜，定期通過慢跑、游泳、瑜伽等進行中等強度的有氧運動，有助于免疫系統的恢復與穩定。有必要時需要在醫生指導下使用胸腺肽腸溶片、匹多莫德顆粒等藥物治療，以通過規范治療較好維護身體健康。
