呋喃西林常用的劑型為凝膠劑，呋喃唑酮的常用劑型為片劑。呋喃西林和呋喃唑酮的區別主要在于應用不同、不良反應不同、禁忌人群不同等。
1、應用不同：呋喃西林和呋喃唑酮都是抗菌藥，但呋喃西林主要用于輕度化膿性皮膚病，呋喃唑酮主要用于難以根除的幽門螺桿菌感染。
2、不良反應不同：使用呋喃西林后，可能刺激皮膚出現燒灼感，或過敏反應，如皮疹、瘙癢等。使用呋喃唑酮后，主要有惡心、嘔吐、腹瀉等不適癥狀，少數情況可能出現溶血性貧血、黃疸及多發性神經炎。
3、禁忌人群不同：呋喃西林的禁忌人群主要是對本品過敏者禁用，呋喃唑酮的禁忌人群通常是對本品過敏者禁用以及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏者禁用。
除以上區別外，還有其他區別，比如成分、性狀、注意事項等，日常不要自行用藥，具體用藥應該在醫生指導下進行。