妊娠40天看不見孕囊有可能是正常的，但也不能完全排除異常情況。
一般來說，對于月經周期規律，即月經周期為28-30天的女性，在停經35天，通過B超檢查可能在宮腔內看到孕囊。但如果月經周期較長，排卵和受孕時間相對較晚，孕囊出現的時間也會推遲，所以在妊娠40天時可能看不到孕囊。此外，還有一些異常情況也可能導致妊娠40天看不到孕囊。例如異位妊娠，受精卵在子宮腔以外的部位著床發育，此時宮腔內就看不到孕囊；或者胚胎發育不良，胚胎沒有正常生長，也可能出現看不到孕囊的情況。
如果妊娠40天B超檢查未發現孕囊，醫生通常會建議結合血人絨毛膜促性腺激素水平及孕酮值進行綜合判斷，同時可能會囑咐孕婦在1-2周后復查B超。如果在等待復查的過程中，出現陰道流血、腹痛等癥狀，應及時就醫，以排除異位妊娠等危險情況。