闌尾囊腫不一定會轉變成癌癥，但不排除變成癌癥的可能。囊腫如果為良性，一般不會轉變成癌癥，如果為惡性，癌變的概率會很高。
闌尾囊腫可能會變成闌尾囊性腫瘤，其中包括闌尾黏液囊腫和假性黏液瘤。其中闌尾病變為囊狀結構，或含有黏液的闌尾呈囊狀擴張，稱為闌尾黏液囊腫，75%-85%的闌尾黏液囊腫為良性囊腺瘤，上皮細胞不會出現不典型增生，也不會出現惡變，對于患者而言沒有太大影響，一般不需要進行特殊治療，注意觀察即可。當囊腫破裂時，進行闌尾切除后一般可治愈。
但少數囊腫可能為囊性腺癌，此時可有無痛性腫塊，囊壁可有鈣化，并且可發生腹腔內播散轉移，其中假性黏液瘤是闌尾分泌黏液的細胞在腹腔內種植而形成，可造成腸粘連梗阻和內痿，在治療上一般主張徹底切除或進行多次手術處理，其5年生存率可達50%。
另外，闌尾囊腫有時可能會合并其他病變，比如闌尾腫瘤或闌尾炎癥，這時可能會伴有右下腹闌尾區疼痛、排便習慣改變，可以通過右下腹的CT初步診斷，最終通過手術切除的方式處理。