病理性黃疸較嚴重，會對全身多個系統造成損害。如引起神經系統損害、肝腎功能損傷、腦部損傷等。具體如下：
1.神經系統損害
病理性黃疸患者可因未結合膽紅素的神經毒性作用，而出現神經系統損害，易造成椎體外系運動異常。可表現為手足徐動、眼球運動障礙、聽力障礙及智力發育障礙等。
2.損傷肝腎功能
病理性黃疸易損傷肝臟和腎臟。高膽紅素血癥會使肝細胞受到一定程度的損害，導致肝臟的排毒能力下降；對腎小管的損害也很常見，可使腎小球過濾功能降低，從而影響腎臟代謝能力。若肝腎功能明顯下降，體內便會有大量毒素累積。
3.腦部損傷
新生兒溶血病、新生兒感染、膽道畸形等原因造成的病理性黃疸，病情更為嚴重，如不及時治療可發生核黃疸。核黃疸對腦部損傷極大，治療不及時，病情會進一步發展，從而造成慢性和永久性腦損傷，甚至有致死的可能性。