少陰頭痛通常是心腎陽虛、陰寒內盛引起，一般沒有首選的中藥，患者可以在醫生指導下，選擇具有疏肝、平肝等功效的中藥，如柴胡、白芍等進行治療。
對于存在少陰頭痛的患者，可以在醫生指導下使用具有疏肝解郁、清肝明目、柔肝止痛等功效的藥物，例如柴胡、白芍、菊花等進行治療，也可以遵醫囑使用具有溫補腎陽、填精止遺等作用的藥物，例如左歸丸、右歸丸等，緩解不適癥狀。除了使用緩解少陽頭痛的藥物，患者也可佐以復方羊角顆粒、烏靈膠囊、養血清腦顆粒，或者是棗仁安神顆粒、安神補心膠囊等藥物，幫助改善相關癥狀。
當存在少陰頭痛的情況時，應及時到醫院就診，遵醫囑選擇合適的藥物治療，并配合醫生檢查找清患者頭痛的原因，避免由于單純考慮中藥治療而耽誤器質性疾病。