藤黃健骨丸不能治療指關節黏液樣囊腫，關節黏液樣囊腫一般采用放射療法進行治療。具體分析如下：
指關節黏液樣囊腫一般好發于遠端指關節背面，可能會在局部形成囊腫。一般是真皮纖維組織與彈性纖維增生形成的病癥，在治療手段上，一般將囊腫內溶液排去后電灼，或者局部放射療法。藤黃健骨丸，可以治療肥大性脊椎炎、頸椎病，有補腎、活血、止痛的作用，不能用于治療指關節黏液樣囊腫。
建議患者前往醫院，進行全面檢查，在醫生的指導下進行治療。